Découvrez les premières contributions à la Bibliothèque Ouverte d’Algorithmes en Santé (BOAS)

Depuis le lancement de la BOAS en avril 2024, une dizaine de ressources y ont été publiées. Des algorithmes et programmes sont donc désormais accessibles à tous afin d’être facilement réutilisables par la communauté scientifique. 

Des programmes pour simplifier et standardiser les extractions de données de la base principale du Système National des Données de Santé (SNDS) 

Au-delà de leur richesse, les données de la base principale du SNDS sont complexes et hétérogènes. Des méthodes et outils existent désormais afin de simplifier les manipulations, les analyses et les interprétations de ces données de santé. Parmi eux : 

• l’outil Magic Loop - Extraction Simplifiée des données (DNUM/SCN) qui permet de générer des tables de consommation de soins sur une période donnée à partir d’une requête adaptée à un besoin utilisateur. 
• les scripts de standardisation de la base principale du SNDS selon le modèle OMOP (HDH) qui permettent de la standardiser. Le standard OMOP est un standard international particulièrement adapté dans le cadre d'études observationnelles, fédérées et à grande échelle. 

Des algorithmes de ciblage sur la base principale du SNDS
Les algorithmes de ciblages dans la base principale du SNDS permettent de repérer, sur la base d’informations médico-administratives, des situations ou des populations présentant une pathologie ou un trait de santé particulier. 

Ils sont donc très utiles pour les chercheurs afin de mener leurs analyses sur les bonnes cohortes. Quatre algorithmes ont ainsi été mis à disposition : 

• ALIA1 - NIHSS (Santé publique France) qui vise à produire une estimation de la sévérité des AVC ischémiques ainsi que la mortalité associée. 
• un algorithme pour construire le top diabète de la cartographie(CNAM) qui a pour objectif de cibler les personnes prises en charge pour du diabète. 
• un algorithme de repérage des individus avec des limitations motrices ou organiques (Irdes) qui identifie les individus présentant des limitations fonctionnelles motrices ou organiques.
• HepavirAlgo - Ciblage des Hépatites Virales Chroniques (iPLesp et HDH) qui vise à permettre de constituer des cohortes spécifiques pour l’hépatite virale chronique B et C, la cirrhose et le variant hépatique Delta. 

Parmi ces programmes, trois ont été soutenus par le Health Data Hub dans le cadre d’un appel à projets favorisant justement la conception et la validation de tels outils en vue de leur partage à la communauté.

Les requêtes à la demande pour construire des indicateurs simples sur les données de la base principale du SNDS
De par la nature complexe des données de santé, le Health Data Hub a lancé un ensemble d’actions citoyennes dont une expérimentation de "requêtes à la demande” afin de répondre aux besoins spécifiques des associations, intéressées par l’obtention de chiffres simples de descriptions des populations concernées. Quelques unes d’entre elles font d’ores et déjà partie des premières ressources ouvertes dans la BOAS et peuvent également être utilisées dans le ciblage : 

• la requête portant sur la prise en charge des patients atteints de la maladie de Crohn et de la rectocolite hémorragique (HDH pour l'AFA Crohn RCH France) visant à cibler et caractériser la population atteinte de maladie inflammatoire chronique de l’intestin (MICI) en France. 
• la requête portant sur l’estimation de la population de plus de 40 ans ayant droits sur la période 2012-2020 (HDH pour l'université Paris-Dauphine, LEDa UMR 8007) qui s’intéresse à la part des femmes ayant droit au sein de cette population et à l’impact de la mise en place de la Protection Universelle Maladie mise en place le 1er janvier 2016. 
• la requête portant sur la prise en charge des allergies aux pollens dans la région Normandie (Groupe VYV) dont l’objectif est d’identifier les communes les plus touchées par les rhinites allergiques afin de dénombrer les patients qui se sont soignés pour des allergies en 2010 sur les cinq départements de la région.

Un programme pour faciliter la pseudonymisation des mammographies
La BOAS ne se limite pas au référencement de ressources facilitant l’exploitation de la base principale du SNDS. En effet, cette bibliothèque a une vocation plus large de centralisation d’algorithmes permettant de faciliter le traitement des données de santé de façon plus générale. Une ressource portant des données d’imagerie a d’ores et déjà été publiée : :  

• la bibliothèque d’outils de pseudonymisation d’attributs et de clichés radiographiques contenus dans les fichiers DICOM (Epiconcept), développée dans le cadre du projet Deep.piste soutenu par le Health Data Hub et qui facilite la pseudonymisation des fichiers DICOM afin d’assurer la confidentialité des données de patientes prises en charge dans le cadre du dépistage du cancer du sein.