Deux terminologies de référence pour le CI-SIS : NCBI Taxonomy et Snomed CT

L’Agence du numérique en santé (ANS) et la Direction du numérique en santé (DNS) avaient lancé du 16 au 31 mars une concertation pour déterminer la terminologie de référence concernant les microorganismes dans un compte rendu de biologie médicale. Deux classifications ont été retenues : la NCBI Taxonomy et la Snomed CT. Elles seront promulguées dans le Cadre d’interopérabilité des systèmes d’information de santé (CI-SIS).

Pas d’arbitrage entre les deux classifications

Lors de cette concertation, l’écosystème a confirmé ses attentes sur le contenu et l’usage d’un standard dans le domaine de la santé, sans arriver à arbitrer entre NCBI et Snomed CT, qui apparaissent comme complémentaires en termes de fonctionnalités :

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• La taxonomie du NCBI est plébiscitée par les professionnels de santé et les laboratoires universitaires comme une source fiable pour la description des microorganismes. Elle favorise également les connexions de la santé avec les sciences du vivant, est mieux connue des experts de laboratoire et permet d’anticiper les virages technologiques des analyses de microbiologie (séquençage et métagénomique) ;
• La Snomed CT a la préférence des industriels pour son usage international et sa large couverture des domaines médicaux. Elle offre également une dimension clinique intéressante, permettant de lier agents pathogènes et maladie. Elle est par ailleurs compatible avec les standards de recherche clinique.

Concrètement, la promulgation de ces deux référentiels dans le CI-SIS se traduira dans le compte rendu de biologie structuré par un double codage des germes identifiés utilisant la double taxonomie. Il est à noter que la trajectoire pour la mise en application du double codage reste ouverte à discussion. De plus, un alignement de référence sera effectué entre les deux classifications, qui permettra au laboratoire de se concentrer dans sa base locale sur un seul des deux référentiels. Il sera ensuite transcodé vers l’autre.

Quatre trajectoires à l’étude

L’ANS et la DNS comptent capitaliser sur leur expérience de la terminologie de référence internationale LOINC[1] pour le codage des observations et des documents électroniques, qui a permis de structurer les analyses de biologie. Face aux défis de l’intégration d’une terminologie sur la classification des organismes, la mise en place s’effectuera par palier et les éditeurs ou les laboratoires n’auront donc pas à implémenter ces référentiels dans le cadre du Ségur du numérique en santé.

Quatre trajectoires sont à l’étude :

• Aucune phase transitoire : le CI-SIS n’impose pas de structuration des microorganismes. Il annonce simplement la solution devant être installée et la mise en place d’un calendrier (en attendant le référentiel d’alignement).
• Structuration monoterminologique libre : le CI-SIS laisse au libre choix des laboratoires l’usage soit de la taxonomie NCBI, soit de la Snomed CT. Il sera néanmoins exigé des laboratoires qu’ils envoient l’ensemble de leurs résultats de microbiologie avec la même terminologie. Cette solution permet un premier engagement des acteurs vers les référentiels d’interopérabilité, mais ne permet pas aux consommateurs de données, notamment les éditeurs, d’anticiper l’ajout de nouvelles fonctionnalités dans leurs systèmes d’information.
• Structuration monoterminologique imposée : le CI-SIS impose l’un des deux référentiels. Cette solution est un premier engagement des acteurs vers un référentiel d’interopérabilité, mais est en décalage par rapport aux conclusions de la concertation et de l’étude menées qui montraient les avantages des deux terminologies.
• Structuration par double codage progressif : le CI-SIS impose une structuration par double codage sur les microorganismes avec les alignements déjà à disposition. Cette solution permet d’atteindre la cible en proposant des « lots » d’alignement de plus en plus étendus. Cette solution n’est pas transitoire. L’ensemble des acteurs, des producteurs et des consommateurs pourra choisir d’exploiter dès sa mise en place l’un ou l’autre des référentiels. La mise en place progressive d’un alignement dont la couverture est de plus en plus étendue permettra aux consommateurs de données d’exploiter les données de microbiologie structurées avec le référentiel de leur choix.

[1] Logical Observation Identifiers Names and Codes.