Oncolab : un projet pour accélérer la recherche et l’innovation en cancérologie

Annoncée fin juin, la création d’Oncolab résulte d’un partenariat entre les start-up Arkhn et Owkin avec l’Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique (Inria). Son objectif est de rendre accessibles les données d’oncologie issues des établissements de santé à l’ensemble des acteurs de l’écosystème, à des fins de recherche et d’innovation. Des données multimodales sont entreposées dans les établissements. Via Oncolab, elles seront standardisées, structurées et étudiées de manière synchronisée.

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Un consortium public-privé

Oncolab construira des architectures de données à destination de la recherche et de l’innovation en oncologie pour quatre centres de référence : l’Institut Curie de Paris, l’Institut Bergonié de Bordeaux, l’Institut universitaire du cancer de Toulouse-Oncopole et le CHU de Toulouse. Le budget du projet approche les 11 millions d’euros. Il a pour vocation de faciliter la recherche et l’innovation en oncologie en répondant aux différents enjeux actuels de gestion et d’accessibilité des données de santé par la fourniture d’un socle technique commun et standardisé tant aux établissements de santé qu’à leurs partenaires.

La société Arkhn sera chargée de développer les architectures de données. « Le projet Oncolab est une formidable opportunité de rendre aux établissements de santé l’accès aux données de leurs patients, tout en facilitant l’émergence de projets de recherche et de partenariats publics-privés, au bénéfice de l’ensemble de l’écosystème », expliquent Émeric Lemaire, Corneliu Malciu et Théo Ryffel, cofondateurs d’Arkhn. La spécialité en data science et en intelligence artificielle d’Owkin permettra quant à elle de préserver la confidentialité des données et la souveraineté des établissements de santé avec l’étude des données de manière décentralisée. « Oncolab offre ici une excellente occasion d’aborder l’interopérabilité des données, enjeu fondamental pour tirer tout le potentiel de l’intelligence artificielle » ajoute Jocelyn Dachary, premier vice-président IT & Data Solutions chez Owkin.

Des entrepôts de données pour faciliter l’accès aux données de santé

Oncolab concerne toutes les formes de cancer et intégrera des données d’oncologie de tout type (comptes rendus, examens, imagerie, biologie, etc.) recueillies auprès des centaines de milliers de patients suivis par les établissements de santé.

La plateforme sécurisée devrait simplifier l’accès technique aux données et leur mise à disposition à des fins de recherche et d’innovation. Le bénéfice devrait être visible sur les coûts et les délais de mise en œuvre avec un accès direct à des données standardisées. De plus, les établissements de santé conserveront le contrôle des données des patients, notamment grâce à l’apprentissage fédéré (federated learning). Cette technologie permet de mener des projets de recherche sans que les données soient extraites des établissements.

Entraîner des algorithmes d’intelligence artificielle

Les méthodes de traitement automatique du langage (TAL ou NLP – Natural Language Processing) permettent d’analyser automatiquement des dizaines de milliers de documents médicaux (ordonnances, comptes rendus d’hospitalisation, lettres de liaison, etc.) et d’en extraire les informations pertinentes pour la recherche. Elles se basent sur des modèles d’intelligence artificielle, portés notamment par l’équipe projet ALMAnaCH de l’Inria, et sont développées en collaboration par les partenaires du projet. L’ambition d’Oncolab est de les améliorer.

« Inventer un langage commun, grâce aux apports de l’IA, va permettre de lever beaucoup de freins présents aujourd’hui et […] de répondre beaucoup plus facilement aux questionnements de nos cliniciens/chercheurs. Un algorithme en forme d’espéranto au service de l’accélération de la recherche contre le cancer ! », résume Nicolas Portolan, directeur général adjoint de l’Institut Bergonié.