Une nouvelle version de la méthode de standardisation du SNDS

Le Health Data Hub (HDH) a fait le constat de la sous-exploitation de la base principale du Système national des données de santé (SNDS) au regard de sa complexité et du temps nécessaire pour monter en compétences tant sur le schéma de données que sur la compréhension de leurs biais et limites. L’élaboration d’un modèle commun présente le double avantage de simplifier son utilisation et de l’élargir à des projets de recherche nationaux et européens.

Faciliter la recherche

En 2020, après avoir remporté un premier un appel à projets lancé par le consortium européen EHDEN, le HDH a déployé une première version de standardisation au format Omop-CDM de la base SNDS Fast-Track qui portait sur des patients atteints de Covid. Début 2022, le HDH était pour la deuxième fois lauréat du nouvel appel à projets EHDEN ayant pour objectif de transformer les données du SNDS dans le modèle de données commun Omop.

Les règles de standardisation ont été améliorées, et le périmètre standardisé élargi aux années 2015-2021. La finalité de la standardisation est de faciliter les projets de recherche. Dans la continuité, le HDH annonçait fin mars l’ouverture des alignements terminologiques et l’élargissement du périmètre temporel. Pour cette nouvelle version de la standardisation au format Omop-CDM, la documentation BP SNDS au format Omop est accessible sur le site du SNDS et les scripts en Open Source sur celui du GitLab.

Démocratiser l’accès aux ressources
Cette démarche correspond également à l’engagement du HDH de faciliter l’accès libre et gratuit à des ressources et outils essentiels pour la recherche en santé afin de contribuer à l’avancée de l’innovation. Via son GitLab public, le HDH propose nombre de ressources en accès libre et participe ainsi à la construction de la Bibliothèque ouverte d’algorithmes en santé (Boas).

Cette bibliothèque, en cours de développement, devrait lister, répertorier et documenter les algorithmes de traitement des données de santé pour faciliter leur réutilisation dans divers projets de recherche et d’innovation. Elle devrait être finalisée fin avril 2024. Dans sa volonté de promouvoir l’ouverture dans le domaine de la santé, le HDH organise à Paris, le 30 avril 2024, un événement sur le thème de l’Open Science pour échanger sur les avancées en la matière et discuter des opportunités futures, en présentiel ou en ligne.