Standardisation de la base principale du SNDS au format OMOP

Dans le cadre d’un appel à projets du consortium EHDEN (European Health Data and Evidence Network, branche européenne du réseau OHDSI, responsable d’OMOP-CDM), le Health Data Hub (HDH) a réalisé un travail de standardisation de la base principale du Système national des données de santé (SNDS) au format standard OMOP. Le HDH vient d’annoncer sa validation qui a eu lieu en septembre.

Améliorer l’interopérabilité

Cette base contient les données de santé médico-administratives de la population française relatives aux prestations médicales réalisées en ville et aux séjours hospitaliers. Elle comprend un schéma relationnel complexe de plus de 180 tables et 4 500 variables incluant de nombreuses informations spécifiques sur le remboursement des soins.

Cette complexité rend difficile l’exploitation des données et leur chaînage avec d’autres bases de données. L’objectif de cette standardisation est d’améliorer l’interopérabilité de la base du SNDS pour favoriser les partenariats internationaux et son utilisation pour des projets de recherche. Elle va notamment permettre d’analyser les parcours de soins des patients.

Ainsi, la standardisation vers le modèle OMOP-CDM permet l’interopérabilité avec des bases partageant la même structure et les mêmes terminologies en focalisant les données sur le patient et ses interactions avec le système de santé, tout en ne conservant que des informations générales sur les parcours de soins.

Dans un second temps, cette version de la base pourra être utilisée notamment par les groupes de travail sur l’espace européen des données de santé (HealthData@EU) ou commandités par l’Agence européenne des médicaments.

Deux appels à projets EHDEN

Le HDH avait été en 2020 lauréat d’un premier appel à projets EHDEN sur des données de patients ayant reçu un diagnostic hospitalier de Covid-19. En décembre 2021, il remportait ce deuxième appel à projets, lequel visait à standardiser au format OMOP les données, accumulées entre 2015 à 2021, d’une cohorte de 3 millions de patients de la base en respectant quatre étapes principales :

• L’écriture de règles de transformation entre les tables et les variables de la base principale du SNDS et celles d’OMOP-CDM ;
• La traduction de plus de 70 000 codes, utilisés dans la base principale du SNDS pour décrire les événements médicaux (nomenclatures CCAM, CSARR, NABM, LPP, etc.), vers des nomenclatures standards (Snomed CT, etc.). Cette étape a été réalisée par des internes en médecine avec l’appui de Bordeaux PharmacoEpi (BPE) ;
• L’implémentation de scripts effectuant la transformation de la base ;
• La mise en qualité des résultats.

La masse de données a ainsi été divisée par cinq, ce qui améliore la compréhension de la base par des personnes non expertes et permet de centrer les données sur le patient, favorisant ainsi l’étude des parcours de soins.

Les règles de standardisation et les scripts de transformation devraient être publiés d’ici à la fin de l’année, sur le site de documentation du SNDS et sur le dépôt GitLab du Health Data Hub.