Standardisation de la base du SNDS

Selon le Health Data Hub (HDH), la base médico-administrative du Système national des données de santé (SNDS) est à la fois très riche et très complexe. Elle serait sous-exploitée à cause du temps nécessaire à la compréhension du schéma de données, mais aussi des biais et des limites des données. Le HDH souhaite donc standardiser cette base principale du SNDS dans un modèle de données commun afin de simplifier son utilisation et de l’élargir à des projets de recherche nationaux et européens.

Le HDH définit un standard comme une manière normalisée de représenter et de stocker des données qui permet d’agréger les résultats de plusieurs bases de données et de mener des études sur des cohortes plus larges.

Vers un format OMOP-CDM

Le HDH avait lancé en 2020 un appel à projets pour transformer le SNDS Fast Track au format OMOP-CDM. Le SNDS Fast Track contenait les données du SNDS concernant les patients avec un diagnostic hospitalier de Covid-19, qui étaient repérés dans le PMSI. Puis, pour ces patients, les extractions étaient réalisées sur le SNDS. L’appel à projets était porté par l’EHDEN (European Health Data Evidence Network).

Cette approche est centrée sur le patient. L’utilisateur passe ainsi d’une base comportant plus de 180 tables pour la base principale du SNDS à moins de 20 tables. Il peut ainsi analyser plus facilement les parcours de soins, quelle que soit la provenance géographique ou administrative de la donnée. 

Trois étapes

Cette standardisation de la base principale du SNDS s’est déroulée en trois étapes principales :

• l’écriture des scripts permettant de transformer le SNDS au format OMOP-CDM ;
• l’alignement de terminologies (CCAM, NABM, etc.) ;
• la mise en qualité.

Les résultats ont été présentés en 2022 à des congrès européens (OHDSI de Rotterdam) et internationaux (Washington DC) ainsi que lors de l’événement du 14 décembre 2022, organisé par le HDH dans le cadre du programme BOAS (Bibliothèque ouverte d’algorithmes en santé), visant à soutenir le développement d’algorithmes facilitant l’exploitation des données de la base principale du SNDS et leur mise en Open Source.

Terminologies et périmètre temporel

Un second appel à projets de l’EHDEN a été remporté en 2021. En 2023, le HDH continue donc les travaux de standardisation du SNDS, avec l’ouverture des alignements terminologiques et l’élargissement du périmètre temporel (2015-2021) afin notamment d’alimenter les cas d’usage du pilote EHDS. Le HDH indique que la documentation de la transformation est disponible sur son site, et les scripts de transformation sur Gitlab.