La Bibliothèque ouverte d’algorithmes en santé accessible librement en ligne

Le Health Data Hub (HDH) s’est notamment donné pour mission de faciliter l’accès libre et gratuit à des ressources et à des outils essentiels à la recherche en santé. Son objectif est de contribuer à l’avancée de l’innovation dans l’utilisation des données de santé en facilitant la disponibilité des outils permettant de les exploiter de manière fiable. Dans cette perspective qui représente un intérêt majeur pour la communauté scientifique, le HDH a mis en ligne, en libre accès, la Bibliothèque ouverte d’algorithmes en santé (BOAS).

Un double objectif
La BOAS se propose de :

• Référencer les algorithmes de ciblage sur la base principale du SNDS et leur implémentation, de même que les algorithmes de traitement des données de santé pour faciliter leur réutilisation et leur mise en œuvre ;
• Partager les bonnes pratiques et offrir un accompagnement dans l’ouverture des codes sources dans une dynamique collaborative.

Des fiches descriptives détaillées sur les algorithmes référencés renvoient vers le dépôt de la ressource sur une plateforme ouverte. Le GitLab public du HDH met ainsi à disposition en accès libre un nombre significatif de ressources. Ce fonctionnement vise à encourager la collaboration, la gestion des versions et la validation par les pairs.

Dans ce même esprit collaboratif, un appel à manifestation d’intérêt BOAS est ouvert en continu pour accompagner le développement et la validation des algorithmes de ciblage dans la base principale du SNDS afin d’étoffer cette bibliothèque. Par ailleurs, un groupe de réflexion sera mis en place sur les thématiques du sourcing, de la qualité et de la maintenance d’algorithmes présentant un intérêt pour la communauté scientifique.

Promouvoir l’open science

La BOAS a été développée à la suite de l’engagement du HDH de soutenir et de promouvoir l’ouverture et l’accessibilité des algorithmes dans le domaine de la santé. Dans le prolongement de cette initiative, le HDH a organisé le 30 avril dernier une Journée de l’open science en santé qui a mis en avant des contributions à la communauté open source, en présence d’acteurs de la démarche open science tels qu’Éric Bothorel, député des Côtes-d’Armor et auteur du rapport Pour une politique publique de la donnée, des algorithmes et des codes sources publié en 2020, Isabelle Blanc, administratrice ministérielle des données, des algorithmes et des codes sources, Arnaud Bonnard, membre de la Drees[1] et de l’équipe Amdac MSS[2], et Gaël Varoquaux, directeur de recherche à l’Inria[3].

[1] Direction de la recherche, des études, de l’évaluation et des statistiques.

[2] Administration des données, des algorithmes et des codes sources de la sphère ministérielle Solidarités-Santé.

[3] Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique.